Né en 1973 en Corse, Mgr Benoit Aubert a d'abord entamé des études scientifiques, avant d'entrer au séminaire. Il est ordonné en 2006 en la cathédrale Notre-Dame de Paris et commence son ministère en Seine-Saint-Denis, dans le cadre de la Fraternité Missionnaire des Prêtres pour la Ville, d'abord à Villemomble, puis à Aubervilliers. Après être revenu à Paris, notamment pour accompagner les étudiants et jeunes adultes, il rejoint le diocèse d'Evry-Corbeil-Essonnes en tant que responsable du secteur pastoral de Dourdan-Bienheureuse-Marie-Poussepin (curé in solidum, modérateur de la charge pastorale, vicaire forain).
A l'annonce de sa nomination, Mgr Benoît Aubert raconte avoir été « très surpris ». « Je ne m'y attendais pas du tout ! Je me sentais incompétent pour cette fonction, mais en y réfléchissant et en discutant avec des proches, je me suis décidé à répondre positivement à cet appel », confie-t-il au micro de KTO.
A propos de son parcours, Mgr Aubert souligne son « expérience très forte » au sein de la Fraternité Missionnaire des Prêtres pour la Ville en Seine-Saint-Denis : « j'ai été déplacé car j'ai rencontré des chrétiens de cultures très différentes ». « Est né à ce moment-là un très vif désir de participer à construire la communion entre toutes ces personnes, de travailler à l'unité », explique-t-il.
Il remercie les fidèles du secteur pastoral de Dourdan de l'avoir « aidé à grandir dans ma foi » : « Je suis triste de partir ! »
Mgr Aubert considère que sa vocation est avant tout « d'être avec le Seigneur, d'aimer Jésus et de le faire aimer ». Il estime que l'évêque est d'abord « un pasteur », qui doit « écouter, regarder, s'émerveiller, encourager », ainsi que celui qui doit « faire avancer ensemble le peuple de Dieu », dans une mission de communion.